小型船舶免許を取得した人には、船舶を操縦する際に必ず守らなければいけないルールがあります。酒に酔った状態で操縦をしてはいけないことも、小型船舶免許の取得者が必ず守るべきルールです。酒に酔った状態での操縦が禁止されているのは、飲酒の影響によって注意力や判断力が大きく低下してしまうからです。こうした状態で船を運転すると事故を起こす危険性が高くなってしまうため、厳しく禁止されています。

小型船舶を使用する場合には、小型船舶免許を取得した人が自分で操縦しなければいけないことも、守らなければいけないルールです。免許を所有していない同乗者に運転をさせることは、固く禁じられています。ですが、組織で運航することが前提となっている漁船などの事業用小型船舶や、帆走をしている状態のヨットは、こうしたルールの対象外です。その他に、体験乗船などをおこなう場合で、安全を確保するための一定の条件を満たしている場合も、上記のルールの対象外になります。

危険な操縦をしてはいけないことも、小型船舶免許を取得した人が守るべきルールです。遊泳区域に不用意に侵入するような運転も、こうした危険な行為に該当します。それ以外の場所でも、泳いでいる人の近くを航走することは基本的に禁止されています。出航をする前に船の検査をすることも、小型船舶免許の取得者の義務になっています。

航行を安全な状態で続けられるように、燃料やオイルの量も点検が必要です。