船舶免許には一級と二級、特殊の3区分があり二級には普通免許と湖川小出力限定免許の2種類が存在します。これらは操縦可能な船舶や航行可能区域に違いがありますが、基本的な取得方法は同じです。船舶免許には国家試験に合格して取得する方法の他に、登録小型船舶教習所の修了試験に合格する方法があります。国家試験は独学でも受験できますが免許スクールに通うのが一般的な方法です。

登録小型船舶教習所の修了試験に合格すると国家試験が免除されます。船舶免許の対象となるのは総トン数が20トン未満の小型船舶です。一級は海岸から5海里を超えて自由に操縦できますが、二級の普通免許は海岸から5海里以内に制限されています。18歳未満の場合は、二級の普通免許を取得しても満18歳になるまで総トン数5トン未満に制限されます。

この制限は若年者限定と呼ばれており満18歳になると自動的に解除され、5トン以上の船舶も操縦できるようになります。湖川小出力限定免許は航行区域が湖川に限られ総トン数は5トン未満、エンジン出力は15キロワット未満に制限されています。特殊小型船舶操縦士免許は水上オートバイを海岸や湖岸から2海里以内で操縦するために必要になります。この免許は特に20代や30代など若い世代の人たちに人気となっています。

船舶免許の国家試験には受験資格があり、一級は満17歳9か月でそれ以外は満15歳9か月です。免許の交付時期は一級が満18歳でそれ以外は満16歳とされています。未成年者でも受験資格を満たして国家試験に合格し、交付要件を満たせば船舶免許を取得できます。